Los laboratorios de análisis clínico, de acuerdo con sus funciones, se pueden dividir en:
- Laboratorios de rutina o de seguimiento. Los laboratorios de rutina tienen cuatro departamento básicos: Hematología, Inmunología, Microbiología y Química Clínica (o Bioquímica).
- Los laboratorios de rutina pueden encontrarse dentro de un hospital al ser externos a éste. Los laboratorios hospitalarios, con frecuencia tiene secciones consideradas de urgencia, donde se realizan estudios que servirán para tomar decisiones críticas en la atención de los pacientes graves.
- Laboratorios de especialidad. En los laboratorios de pruebas especiales se realizan estudios más sofisticados, utilizando metodologías como amplificación de ácidos nucléicos, estudios cromosómicos, citometría de flujo y cromatografía de alta resolución, entre otros. Estas pruebas requieren instalaciones y adiestramiento especial del personal que las realiza. Con frecuencia, estos laboratorios forman parte de programas de investigación.
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